第二季中，箱庭学园迎来了一位神秘的转校生——善存凶。他宣称要“矫正”黑神目泷那种多管闲事的正义感。随着“十三班的十三人”这一异常班级浮出水面，整个学园的“过负荷”（异常者）能力开始暴走。黑神发现，自己的“完成”能力并非万能，面对善存凶那种让一切“正常化”的“否定”能力，她第一次尝到了败北的滋味。为了守护学园的“异常”，会长必须开发出超越“完成”的“创造”能力，与这位史上最强大的对手展开一场关乎存在本身的智斗。

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西尾维新的话痨风格与Jump系热血战斗的完美结合。第二季的剧情深度远超第一季，开始探讨“正常”与“异常”的哲学边界。善存凶作为反派的魅力十足，他与黑神之间的理念碰撞极具张力，战斗场面充满了规则系的诡计与反转。